Проблемы скрытых элементов музея стали видны в ходе ремонта крыши, который начался осенью 2016 года. Была проведена специальная экспертиза, которая выявила дефекты несущих конструкций дома. Решение реконструировать музей было принято Управлением по госохране объектов культурного наследия и Департаментом культуры, спорта и молодежной политики мэрии Новосибирска. Работы начнутся в 2018 году, на это время здание музея закроют. Строение, у которого сейчас адрес Советская, 24 появилось в 1924 году, это памятник истории регионального значения, известный под названием «Дом Кондратюка». Именно здесь инженером хлебозаготовительной конторы работал один из пионеров советской космонавтики, выдающийся теоретик полетов в космос Юрий Кондратюк.
«Реконструкция позволит не только укрепить несущие конструкции, но и восстановить первоначальный облик здания, - сообщил Юрий Лобанов, пресс-секретарь Музея Новосибирска. - В ходе работ будут восстановлены утраченные элементы памятника, в частности, надпись «Союзхлеб» на фронтоне здания. После завершения ремонта здесь продолжит работу обновленный Дом Юрия Кондратюка – филиал Музея Новосибирска».
Музей продолжит работу на время ремонта в двух зданиях: это памятник истории на Обской, 4, и купеческий особняк на Чаплыгина, 27. Проводить выставки он будет в 8 филиалах – районных музеях и готовить постоянную экспозицию, которая откроется в здании на Обской, 4 в 2018 году. Музей также продолжит делать уличные выставки, проводить пешеходные, автомобильные и речные экскурсии и организовывать массовые городские исторические события: «Ночь музеев», «Песни с фонтанами» и другие, - рассказал Юрий Лобанов.
Краеведческий музей Новосибирска открылся после реставрации 
Открылась выставка об истории строительства железнодорожного вокзала в Новосибирске 
41% новосибирских домов нарушают правила эксплуатации 
Ремонт знаменитого Стоквартирного дома начался в Новосибирске 
Квартира-«полуфабрикат»: Почему цены растут, а качество падает?